Simple sequence repeats longer than 12 bp
 
Simple sequence repeats in introns
(Top 100 % listed in the order of total length)
(Normalized total lengths [bp / 1 Mbp of DNA sequence] are shown in parentheses after each repeated motif.)
Length of
repeated
motif
(bp)
Taxonomic group
Primates Rodentia Mammalia Vertebrata Arthropoda C. elegans Embryophyta S. 
cerevisiae
Fungi  
1 A (4125)
C (12)
A (1893)
C (289)
A (1743)
C (224)
A (1033)
C (443)
A (851)
C (99)
A (335)
C (177)
A (1341)
C (39)
A (2994)
C (18)
A (1868)
C (207)
2 AC (1012)
AG (268)
AT (221)
CG (5)
AC (3782)
AG (1741)
AT (300)
CG (14)
AC (1348)
AG (698)
AT (124)
CG (32)
AC (2155)
AT (626)
AG (412)
AC (749)
AG (469)
AT (409)
AT (224)
AG (173)
AC (151)
CG (1)
AT (710)
AG (444)
AC (168)
AT (1385)
AC (26)
AG (26)
AC (511)
AT (362)
AG (140)
3 AAT (171)
AAC (114)
AGG (39)
AAG (33)
ATC (26)
AGC (16)
ACC (14)
ACT (10)
CCG (1)
AAG (266)
AGG (253)
AAT (165)
AAC (156)
ACC (118)
AGC (114)
ATC (42)
ACT (9)
AAC (194)
AGC (117)
AGG (40)
AAT (24)
AAG (20)
AAT (343)
AGG (168)
ATC (157)
AAC (105)
AGC (43)
ACC (34)
AAG (11)
AAT (199)
AGC (195)
AAC (78)
ATC (78)
ACT (56)
ACC (51)
AAG (33)
ACG (18)
AGG (11)
CCG (9)
AAG (70)
AAT (67)
ATC (26)
AGC (16)
AGG (12)
AAC (11)
ACC (9)
ACT (8)
ACG (6)
CCG (3)
AAG (176)
AAT (170)
AAC (121)
ATC (57)
ACT (16)
AGC (13)
ACC (11)
AGG (7)
CCG (5)
AAT (434)
ACG (39)
ACT (23)
AAG (20)
AAT (537)
AAC (145)
AGC (103)
ATC (53)
AGG (45)
AAG (34)
CCG (20)
ACC (14)
4 AAAT (448)
AAAC (233)
AAAG (214)
AAGG (146)
AGAT (82)
ATCC (71)
AATG (57)
AGGG (45)
ACAT (28)
AATC (16)
AATT (15)
AACC (14)
ACAG (12)
AGGC (9)
ACTC (7)
CCCG (6)
ACCC (5)
AAGC (4)
ACCT (4)
AAGT (2)
ACTG (2)
AGCT (2)
AACG (1)
ACGC (1)
ACGT (1)
AGCC (1)
ATGC (1)
CCGG (1)
AAAG (510)
AAGG (407)
AAAC (387)
AAAT (343)
AGAT (284)
ACAG (222)
ACAT (176)
AGGG (169)
ATCC (128)
AATG (60)
AAGC (43)
ACCC (40)
AACC (38)
ACGC (31)
ACTC (29)
AATT (24)
AGGC (23)
AATC (22)
AGCC (14)
ACGG (13)
CCCG (13)
AGCG (9)
ACTG (8)
ACCT (6)
AACT (5)
AAGT (5)
AAGG (183)
ATCC (162)
AAAT (129)
AGGG (86)
AAAG (43)
ACAG (43)
AGCC (43)
AAAC (32)
AAGC (27)
AATG (22)
AGGC (22)
AGAT (418)
ACAG (188)
AGGG (179)
AATC (145)
AAAT (109)
AAAG (97)
ATCC (82)
ACTC (67)
AAAC (64)
ACAT (42)
AGGC (24)
AACC (21)
AATT (18)
AAGG (12)
AATG (12)
ACGC (12)
AGCG (12)
AAAT (101)
ACAT (99)
AAAC (43)
ACGG (36)
AATC (29)
ACTG (24)
AATT (22)
AACT (19)
AGGC (19)
AAGG (17)
AGCG (12)
AATG (10)
ACAG (10)
ACCC (10)
AGAT (10)
AAAT (64)
ACCT (33)
AGGC (19)
AAAC (13)
AATT (11)
AAAG (6)
AAGT (6)
ACAT (4)
AACC (2)
AATG (2)
AACG (1)
AACT (1)
AAGG (1)
AATC (1)
ACAG (1)
ACTG (1)
AGAT (1)
AGCC (1)
ATCC (1)
AAAT (46)
AAAG (44)
AAAC (36)
AATT (30)
ACAT (20)
AATC (14)
ACGT (14)
ATGC (12)
AGAT (11)
AGCT (6)
ACGC (5)
ACTC (5)
AGCG (3)
AACC (2)
AACT (2)
AAGC (2)
AAGT (2)
AGGC (2)
AGGG (2)
ATCC (2)
AAAT (78)
AATC (42)
ACAT (21)
ACGT (21)
AAAT (119)
ACCC (86)
AATT (67)
AAAG (48)
AATC (37)
CCCG (22)
AAAC (19)
ACAG (15)
ACCT (15)
ACGG (15)
AGCG (15)
5 AAAAC (347)
AAAAT (173)
AAAAG (147)
AGGGG (38)
CCCCG (32)
AAAGG (31)
AAGGG (24)
AGAGG (23)
AAATT (20)
ACCCC (14)
AGCCC (14)
AGGGC (14)
AATAT (10)
AAACC (9)
AAGAG (8)
ACTCC (7)
AAATG (5)
ACCAG (4)
CCCGG (4)
AAACT (3)
AAAGT (3)
AACAG (3)
AATAG (3)
AATGG (3)
AATTC (3)
ACAGC (3)
ACAGG (3)
ACATC (3)
ACTGC (3)
ATCCC (3)
AAATC (2)
AAGAT (2)
AATCT (2)
AGGAT (2)
AGGCC (2)
AAAGC (1)
AACAC (1)
AACAT (1)
AACCC (1)
AACTG (1)
AAGCC (1)
AAGCT (1)
AAGGC (1)
AAGTG (1)
AATAC (1)
ACACT (1)
ACAGT (1)
ACTAG (1)
ACTAT (1)
AGAGC (1)
AGATC (1)
AGCGC (1)
AGCGG (1)
AGCTC (1)
AGGCG (1)
ATGCC (1)
AAAAC (476)
AAAAG (151)
AGGGG (130)
AAAAT (105)
AGAGG (64)
AAACC (63)
ACCCC (43)
AATAT (27)
ACAGC (27)
AGAGC (27)
AGCCC (27)
AACCC (26)
AGCTC (26)
AAGGG (21)
ACCTC (19)
AAAGG (17)
AAGAG (13)
ACCTG (13)
AAAGC (9)
AAATT (9)
AAGAC (9)
AATGT (9)
ACACG (9)
AGGCC (9)
ATATC (9)
CCCCG (9)
AACAC (6)
ACAGG (6)
AAGGC (4)
AATAG (4)
ACAGT (4)
ACATG (4)
ACCAG (4)
ACCAT (4)
ACCCT (4)
ACTCC (4)
ACTGG (4)
AGCAT (4)
AACTG (135)
AAAAC (121)
AAAAT (101)
AGAGG (94)
AAAAG (67)
AATAT (47)
AAACC (40)
AAATT (20)
AAGAT (20)
ACAGT (20)
AGGGG (20)
AAAAT (87)
AAAAC (64)
AAATC (45)
AAAAG (27)
ACAGG (27)
AATTC (23)
AGCCT (23)
AGGGC (23)
CCCCG (23)
ACCGC (15)
ACCTC (15)
AGCTC (15)
AAACT (11)
AACAG (11)
AACGG (11)
AACTT (11)
AATAG (11)
AATAT (11)
AATGT (11)
ACAGC (11)
ACATC (11)
ACTAT (11)
ACTGC (11)
AGAGC (11)
AGAGG (11)
AGATC (11)
AGCCC (11)
AGCGC (11)
AGGGG (11)
CCCGG (11)
AAAAT (84)
AAATT (72)
AACCG (39)
AATAT (36)
ACACT (33)
AAAGC (30)
AAGAG (30)
AAACC (27)
ATCCG (27)
ACTAT (24)
AAAAC (21)
AATCC (21)
AATAC (18)
AATCG (18)
AATCT (18)
AATGT (18)
ATCCC (15)
AAGAT (12)
ACCAG (12)
ACTGG (12)
AGAGC (12)
AGCCG (12)
AAAAG (9)
AAACG (9)
AAACT (9)
AAATC (9)
AAATG (9)
AACAT (9)
AACGG (9)
AAGAC (9)
AATGC (9)
ACATC (9)
ACCAT (9)
ACGAT (9)
ACTCC (9)
AGCGG (9)
AGGCC (9)
AGGGG (9)
AAAAT (87)
AAATT (60)
AAAAC (17)
AAAAG (14)
AATAC (10)
AATTC (10)
AAATG (9)
AAATC (8)
AATAT (6)
ACCCT (6)
AATCG (4)
AAGGG (3)
AAACG (2)
AAACT (2)
AAAGT (2)
AACAC (2)
AAGAT (2)
AATGT (2)
AAACC (1)
AAAGG (1)
AACAT (1)
AACCT (1)
AACGG (1)
AACTC (1)
AACTG (1)
AACTT (1)
AAGAC (1)
AAGAG (1)
AAGCC (1)
AAGGT (1)
AAGTG (1)
AATAG (1)
AATCC (1)
AATGC (1)
AATGG (1)
ACAGC (1)
ACAGT (1)
ACATG (1)
ACCGC (1)
ACCGT (1)
ACGCG (1)
ACGTC (1)
ACTAG (1)
ACTAT (1)
ACTCC (1)
ACTCT (1)
AGATC (1)
AGCCT (1)
AGCGG (1)
AGCTC (1)
AGGGG (1)
ATATC (1)
ATCCC (1)
ATCGC (1)
ATGCC (1)
AAAAT (111)
AAAAC (84)
AAAAG (51)
AAATC (28)
AAACC (24)
AATAT (18)
AAATT (15)
AACAC (12)
AAATG (10)
AAGAG (10)
AATGC (10)
AATCT (9)
AATTC (9)
AAAGC (8)
ACAGT (8)
ATCGC (8)
AAACT (7)
AAAGG (7)
AACAG (7)
ATGCC (7)
AATCG (6)
ACGAT (6)
AACAT (5)
AAGAT (5)
AATGG (5)
AATGT (5)
ACCTC (5)
ACTGG (5)
AGGGG (5)
ATATC (5)
AAACG (4)
AGCTC (3)
CCCCG (3)
AACCC (2)
AACCG (2)
AACCT (2)
AACTG (2)
AACTT (2)
AAGGG (2)
AAGTG (2)
AATAC (2)
ACATC (2)
ACATG (2)
ACCAT (2)
ACCCG (2)
ACCCT (2)
ACCGG (2)
ACGCC (2)
ACTAG (2)
ACTGC (2)
AGAGC (2)
AGATC (2)
AGATG (2)
AGCCT (2)
AAAAG (183)
AAAAC (78)
AGATG (78)
AAAAT (46)
AACAC (39)
AATAT (39)
AAATT (26)
ACTCC (20)
AAAAT (196)
AGGGG (70)
AAAAG (56)
AAGAG (42)
AAGAT (28)
ACGCC (28)
AGATG (28)
AAAAC (19)
AATGT (19)
ACCCC (19)
AAAGC (14)
AAAGG (14)
AAATG (14)
AAATT (14)
AACTT (14)
AAGGG (14)
AATAC (14)
AATAT (14)
AATTC (14)
ACACC (14)
ACAGC (14)
6 AAAAAC (98)
AAAAAT (68)
AAAAAG (42)
AGAGGG (20)
AGATAT (15)
AGCCCC (13)
ACCCCC (12)
AAGGGG (8)
AAAATT (7)
AAAGAG (6)
AAATTT (6)
AAGGAG (6)
ACATAT (6)
CCCCGG (6)
AAAACC (5)
ACAGAG (5)
AAATAT (4)
ACCATC (4)
AGGGGC (4)
AAAATC (3)
AAATAC (3)
AACCCC (3)
AGGCCC (3)
AGGGCC (3)
ATCCCC (3)
CCCCCG (3)
AAGAGG (2)
AATTAT (2)
ACACAG (2)
ACCTCC (2)
ACTGCC (2)
AGGGGG (2)
AAAACT (1)
AAAAGG (1)
AAACAG (1)
AAAGGG (1)
AAATCC (1)
AACAGC (1)
AAGAAT (1)
AAGGTC (1)
AATAGT (1)
AATCAT (1)
AATCCT (1)
ACACAT (1)
ACACCC (1)
ACACGC (1)
ACACTC (1)
ACAGGG (1)
ACATGG (1)
ACCCTC (1)
ACCCTG (1)
ACCGCC (1)
ACCTAT (1)
ACGCGC (1)
AGCCTC (1)
AGCCTG (1)
AGAGGC (140)
AAAAAC (123)
ACAGAG (80)
ACCCCC (65)
ACATAT (50)
AAGGAG (48)
AGCCCC (39)
AGATAT (32)
AAGAGG (31)
AAAAAG (29)
AGAGAT (27)
ACACAT (24)
ACACAG (22)
AGATCG (17)
AAAAAT (15)
AACCCT (15)
AATGAT (15)
AGGGGG (15)
AAGGGG (12)
ACCATG (12)
AGGGGC (12)
AATATT (10)
CCCCCG (10)
AAAGAG (9)
AAACAC (5)
AAAGGG (5)
AAGCAG (5)
ACAGCC (5)
ACAGGC (5)
ACAGTG (5)
ACCAGC (5)
ACCCAG (5)
ACCCCG (5)
ACCTCT (5)
ACGCGC (5)
AGAGCT (5)
AGCCGG (5)
CCCCGG (5)
AAAAAC (137)
ACAGCC (113)
ACCCCC (73)
ACACAG (57)
AGAGGC (49)
ACACCC (40)
AAAAAG (24)
AACCCT (24)
AATGAG (24)
ACCCGG (24)
AGAGGG (24)
AGGGCC (24)
CCCCGG (24)
AATAGT (41)
AACCCT (27)
AACGGG (18)
AAAAAC (14)
AAAAAT (14)
ACACGC (14)
ACAGCT (14)
ACTGAT (105)
ACAGAT (54)
AATACT (47)
AAAAAC (33)
AATACC (29)
AAGATC (25)
AATCCC (25)
AAAAAT (22)
AAATAT (22)
AAATTT (22)
AACTCC (22)
AAGTGG (22)
AATGCG (22)
AATTAC (22)
ACTAGG (22)
ACGCTG (18)
AAACAG (14)
AACGGC (14)
AGGGGC (14)
AAACAC (11)
AAACGG (11)
AAATCC (11)
AAATCG (11)
AAATGC (11)
AACAGG (11)
AACAGT (11)
AACATC (11)
AACTAT (11)
AAGACC (11)
AAGTAG (11)
AATCTG (11)
AATGGG (11)
AATGTG (11)
ACACAT (11)
ACAGCC (11)
ACAGCT (11)
ACAGGC (11)
ACAGTC (11)
ACATAT (11)
ACCATG (11)
ACCCTC (11)
ACCGCC (11)
ACGATG (11)
ACGGAT (11)
ACGTCC (11)
AGAGGG (11)
AGATAT (11)
AGATGG (11)
AGCATG (11)
AGCTCC (11)
AGGGGG (11)
ATCCCC (11)
AAGCCT (353)
ACCTAG (30)
AAAAAT (21)
AAAATT (18)
AGCCTG (12)
AAATTT (10)
AGGCAT (10)
AAATTC (8)
AAAAAG (5)
AAAATG (5)
AAACCT (5)
AAATAT (4)
AAAAAC (3)
AAAACG (3)
AAAGCC (3)
AAATTG (3)
AACCCT (3)
ACATAT (3)
AAAGTT (2)
AACTAC (2)
AAGCCC (2)
AAGTCT (2)
ACCTAT (2)
AAAACC (1)
AAAAGC (1)
AAAAGG (1)
AAAAGT (1)
AAAATC (1)
AAACAC (1)
AAACAG (1)
AAACTG (1)
AAACTT (1)
AAAGGT (1)
AAATAG (1)
AAATGC (1)
AACAAT (1)
AACACC (1)
AACATG (1)
AACGCC (1)
AACTAT (1)
AACTGT (1)
AAGACT (1)
AAGATG (1)
AAGCAG (1)
AAGCAT (1)
AAGCCG (1)
AAGCGT (1)
AAGCTT (1)
AAGTAG (1)
AATAGG (1)
AATAGT (1)
AATGAC (1)
AATGCC (1)
AATGTC (1)
AATTAC (1)
AATTAT (1)
ACACAT (1)
ACACCT (1)
ACAGCT (1)
ACCAGG (1)
ACCCCG (1)
ACCTCC (1)
ACCTCG (1)
AGAGCC (1)
AGCAGG (1)
AGCCTC (1)
AGCGGG (1)
AGCTCC (1)
AGGCCT (1)
AGGGGG (1)
AAAAAT (29)
AAAAAC (17)
AAAAAG (14)
AATCAC (11)
AAACAC (8)
AATGAT (8)
AAAACC (6)
AAAACT (6)
AAAATT (6)
AAACCT (6)
AAAGAG (6)
AACTTG (6)
ACCCCC (6)
AAAATG (5)
AAATGC (4)
ACGCGG (4)
AGAGCT (4)
AGCCTG (4)
AAAATC (3)
AAAGAC (3)
AAAGAT (3)
AAATGG (3)
AACCAT (3)
AACCCG (3)
AAGATG (3)
AATACC (3)
AATATT (3)
AATCGC (3)
AATCTG (3)
AATGGC (3)
ACACGT (3)
ACATGG (3)
ACCTCC (3)
ACGTAT (3)
AGAGGC (3)
AGCATG (3)
AGGCGG (3)
AAAAAC (94)
AAAAAG (55)
AATCAT (47)
AATAGT (23)
AATGAC (23)
ACACGC (23)
ACATAT (23)
AAAAAT (241)
AAAAAG (67)
AAAATT (39)
ACAGGG (39)
AATGAT (34)
AGGGGC (34)
AACTCG (22)
ACACCC (22)
ACCCTG (22)
AGAGCC (22)
AAACAC (17)
AACATC (17)
AACATG (17)
AATGCG (17)
ACCAGT (17)
ACCCCC (17)
AGGGGG (17)

© Tóth, Gáspári, and Jurka (2000)